| 姓名 | 年度 | 獎項名稱 |
| 吳彰哲 | 113 | 第21屆國家新創獎-農業與食品科技類「學研新創獎」 |
| 陳天任 | 113 | Research.com 2024全球最佳生態與演化科學家 |
| 黃將修 | 113 | Research.com 2024全球最佳生態與演化科學家 |
| 陳正宗 | 113 | 中國工程師學會-傑出工程教授獎 |
| 許泰文 | 113 | 中國工程師學會-會士 |
| 陳天任 | 113 | 國際甲殼類學會-傑出研究獎 |
| 張正杰 | 112 | 112年推動海洋事務績優公務員 |
| 陳正宗 | 112 | 孫方鐸教授力學獎章 |
| 邵廣昭 | 112 | 教育部2023年海洋教育推手獎-個人獎 |
| 吳靖國 | 112 | 教育部2023年海洋教育推手獎-個人獎 |
| 廖柏凱 | 112 | 2023臺灣開放教育優良課程獎 |
| 李光敦 | 112 | 台灣地理資訊學會第十九屆金圖獎–最佳應用系統獎 |
| 許泰文 | 112 | 教育部師鐸獎 |
| 李孟洲 | 112 | 2022綠色科技論文獎 |
| 林詠凱 | 111 | 台灣食品科學技術學會「食品學術研究榮譽獎」 |
| 黃章文、龔紘毅、徐德華 | 111 | 19屆國家新創獎-學研新創獎（農業與食品生技類） |
| 張正杰 | 111 | 教育部社會教育貢獻獎-個人獎 |
| 莊水旺 | 111 | 第10屆模具論文獎-企業特別獎 |
| 呂明偉 | 111 | 「2022臺北生技獎」優等獎 |
| 李光敦 | 111 | 水利傑出貢獻-大禹獎 |
| 呂明偉 | 110 | 第18屆國家新創獎-學研新創獎-農業與食品生技類 |
| 顧皓翔 | 110 | 2021國際傑出發明家名人堂 |
| 林翰佳、黃志清 | 110 | 2021臺北生技獎-技轉合作獎 |
| 柯永澤 | 110 | 技部傑出技術移轉貢獻獎 |
| 周信佑、陳歷歷 | 110 | 科技部傑出技術移轉貢獻獎 |
| 莊水旺 | 110 | 臺灣鑄造學會-鑄造工程獎 |
| 曾筱君 | 110 | 中華民國海洋學會-第六屆海洋薪傳獎 |
| 李明安 | 109 | 109年推動海洋事務績優公務員 |
| 許泰文 | 109 | 孫方鐸教授力學獎章 |
| 龔紘毅 | 109 | 科技部-『產學鏈結合作獎』 |
| 林翰佳、黃志清、周昭昌 | 108 | 第16屆國家新創獎-「草本炭方」創新農業抗生素替代技術 |
| 張忠誠、王榮華、吳政郎、吳宗達、謝易錚、鄭錫齊、張欽圳、莊季高、林鎮洲、黃沂訓、劉擎華、徐德華、黃振庭 | 108 | 第16屆國家新創獎-AI技術應用於智慧化養殖系統的建置 |
| 王志銘 | 108 | 國際著名期刊Chemistry－A European Journal及Dalton Transactions之封面文章 |
| 許為元 | 108 | 第一屆國家農業科學獎之社經發展領域出類拔萃獎及千里馬獎 |
| 張淑淨 | 108 | 中華民國第24屆地政貢獻獎 |
| 李光敦 | 108 | 獲社團法人中國工程師學會 108年度「傑出工程教授」 |
| 冉繁華 | 107 | 獲產銷履歷達人暨卓越貢獻獎 |
| 廖一久 | 107 | 獲行政院農業委員會「二等農業專業獎章」 |
| 張清風 | 106 | 榮獲法國政府頒發「法國教育榮譽勳位-騎士勳章」 |
| 廖一久 | 106 | 榮獲「日本水產增殖學會」遴選為名譽會員(今(106)年3月榮獲「日本水產增殖學會」遴選為名譽會員，是該學會1952年成立以來第六位，也是唯一一位非日本國籍的名譽會員。) |
| 張清風 | 105 | 2016年日本太平洋科學會 Hatai Medal Award（畑井賞）獎 |
| 許泰文 | 105 | 全國水利貢獻獎-大禹獎 |
| 莊守正 | 103 | 行政院農業委員會林業及自然保育有功人士 |
| 程一駿 | 98 | 行政院農業委員會林業及自然保育有功人士 |
| 李光敦 | 97 | 經濟部水利事業貢獻獎 |
| 孫寶年 | 97 | 國際食品科技聯盟院士 |
| 江善宗 | 97 | 國際食品科技聯盟院士 |
| 陳榮輝 | 95 | 生策會第四屆國家新創獎（學術研究組） |
| 鄭慕德 | 95 | 國際電機電子工程師學會會士（ IEEE Fellow） |
| 江海邦 | 94 | 中華民國光學工程學會94年度「錸德青年光學工程獎章」 |
| 江福松 | 94 | 行政院農業委員會全國優秀農業人員獎 |
| 林鎮洲 | 92 | 全國創新機構設計比賽獎 |
| 蕭錫延 | 85 | 財團法人傑出人才發展基金會傑出人才講座 |
| 江善宗 | 82 | 中山學術獎 |