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108學年度「研究績優獎」
| 單位 | 姓名 | 職級 |
| 海運暨管理學院-運輸科學系 | 游明敏 | 教授 |
| 生命科學院-生命科學暨生物科技學系 | 黃志清 | 教授 |
| 海洋科學與資源學院-海洋環境資訊系 | 何宗儒 | 教授 |
| 工學院-河海工程學系 | 顧承宇 | 教授 |
| 電機資訊學院-光電與材料科技學系 | 梁元彰 | 教授 |
| 人文社會科學院-師資培育中心 | 張正杰 | 教授 |
| 海洋法律與政策學院-海洋法律研究所 | 林倖如 | 副教授 |
| 共同教育中心-語文教育組 | 郭寶文 | 副教授 |
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108學年度「研究進步獎」
| 單位 | 姓名 | 職級 |
| 海運暨管理學院-航運管理學系 | 鍾政棋 | 教授 |
| 海運暨管理學院-運輸科學系 | 湯慶輝 | 教授 |
| 生命科學院-水產養殖學系 | 張清風 | 教授 |
| 海洋科學與資源學院-海洋事務與資源管理研究所 | 陳志炘 | 副教授 |
| 海洋科學與資源學院-環境生物與漁業科學學系 | 王佳惠 | 副教授 |
| 工學院-河海工程學系 | 范佳銘 | 教授 |
| 電機資訊學院-資訊工程學系 | 蘇育生 | 助理教授 |
| 人文社會科學院-師資培育中心 | 王嘉陵 | 教授 |
| 共同教育中心-博雅教育組 | 曾聖文 | 副教授 |
| 臺灣海洋教育中心 | 蔡良庭 | 專案副研究員 |
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